本人對MARVEL和DC漫畫稍稍有研究 不過還稱不上專家
所以就自己的觀點回答樓主的問題XD

(1) 金鋼狼是失去記憶的人，怎麼這部片一直在回憶?
拯救矢志田的畫面、銀狐凱拉，什麼都記得!
Ans.就算失去記憶，但不代表那段記憶不存在，只要受到足夠的刺激，包括相似或是相同的人事物，記憶就會慢慢回來，而且片中金鋼狼的記憶畫面也是斷斷續續，沒有十分清楚，所以還蠻合理的。
(2) 就算劇中金鋼狼有亞德曼骨骼，
超級恢復力也不算完全失去，
可是矢志田出殯時，
他受了那麼多傷還坐車趴趴走又打又摔的，很扯。
Ans.基本上...變種人本身本來就很扯...只要你還記得第三集最後他跟琴葛雷(火鳳凰)打的那段:身體不斷被撕裂又復原，就會覺得他這集的打法根本就是小菜一碟。
(3) 想看金鋼狼大戰忍者團體，他還很有自信的說
'這就是你所有的人馬?'
結果打都沒打，就被忍者們抓了。
Ans.我個人覺得，可能是金鋼狼對自己太有自信，也或許是敵人用的方法很特別吧(之後還中毒==)。而且這樣也可以表現的悲壯一點，或許是要符合本集日本武士悲壯的精神 :P
(4) 鋼爪斷了，會導致'未來昔日'的老金鋼狼戰力大減!
Ans.先聲明，他在裡面算是年輕了XD(因為他的成長速度比別人慢超多==)，再來...我只能說，導演總是能想到方法把他再次神格化XD。或許再植入一次金屬也說不定==
(5) 最終魔頭戰實在太草率了
Ans.我是覺得，整部片其實打鬥場面都蠻簡潔有力的，你也說了，劇情緊湊不失幽默，我認為導演並沒有把比重放在打鬥上太多，最終魔頭戰其實有讓觀眾驚艷到大魔王的真實身分就好。
(6) 毒蛇抓孫女時一直提到'矢志田不選別人
~選孫女當繼承人'是有原因的。
這個原因卻到最後都完全沒提，
如果矢志田打算讓自己活下來，
那找孫女繼承是為了.....? 完全沒提!
Ans.如果一開始找他兒子繼承，那就不會有後續的一些鬥爭。我認為，矢志田多少猜到金鋼狼不會同意手術，但是人都來了，說不定會發現他的陰謀，所以用這招可以讓他們起內鬨，轉移注意力，進而讓他自己的計畫成功。
(7) 主配角都得罪了司法部長
( 長得像斷水流大師兄那個 )，
可是到最後完全沒被報復。
Ans.如果最後突然提到這個，然後他們又要為了逃離政府的追殺，這樣電影應該拍不完吧...==而且誰敢找他們(變種人)的麻煩阿哈哈XD

樓主相當細心呢!也做得很多功課~有興趣可以互相討論噢!
我也對這類型英雄電影很著迷XD 不曉得我的回答有沒有幫助
不夠的話 請其他大大補足囉~~ :)

說實在的，我對於樓上兩位大哥的發言感到由衷敬佩，同樣的一部電影，對我而言，就只是覺得很好看罷了，真的很難像樓上兩位一樣，找到這麼多的bug，挺厲害的呢!

我也覺得他孫女那一大段真的有點無言
本來感覺他孫女好像很重要
可能掌握了什麼遺傳基因或是有隱藏能力？
所以才一堆人搶來搶去
結果到最後什麼用途都沒有=.=

如果一開始矢田志就只要金剛狼
那金剛狼中計來到他家那天晚上就可以直接行動了
反正他就算能力沒有喪失
也是會被忍者大軍打倒
何況當時他已經被毒蛇女餵了小蟲喪失能力
可以直接抓了送去秘密基地進行後續陰謀
還打來打去搶來搶去不知所為何事？

不過整體來說還滿好看啦
但是真的是因為金剛狼太帥惹
怎樣爛的劇情都沒差
哈哈

我是覺得女主角很可憐，
爸爸想殺他，
爺爺變怪物，
不得不殺爺爺，
未婚夫是個垃圾，
青梅竹馬被爺爺殺了，
愛人跑去當浪人，

最後只剩下他一人，
真的好可憐。

也沒多可憐吧...
雖然幾乎失去一切
但是最少她還有錢吧~繼承了一大筆遺產..

(6) 毒蛇抓孫女時一直提到'矢志田不選別人
~選孫女當繼承人'是有原因的。
－－－－－
原因有提呀！ 就是 孫女比較容易控制，比較聽話。

會找孫女的原因:

那時候蛇蠍女有對孫女說一句話:
你認為為什麼會找你呢?
是因為最強壯? 還是因為是最弱小呢...?
(以上憑印象擷取字面意義,實際標準對話請看影片)

意思就是他們認為孫女最弱, 最不會妨礙到爺爺的復活計畫,
所以選擇最不礙事的孫女繼承財產
(對他們來說越弱越好, 反正最後也是會被爺爺奪回阿)

為什麼要找孫女？蛇蝎女不是在她脖子刺一下？
我認為那是取得一些基因！！！（哈哈哈我有邪惡想法）
因為孫女已和金剛狼嘿咻囉！！！
先從自家和金剛狼有一腿的小孩身體取些東西
說不定這是?動“吸光羅根精髓”計劃的起點喔
但這也有點不成立
因為，矢志田老爺要是願意幫羅根“素”一下?
就不用麻煩孫女?還繞那麼一大圈！！！
（沒有啦，找孫女是因為隔代遺傳啥的！！！）

該片中,出現了第二次,
變種能力可以轉移的可能性,
(第一次,集各種能力於一身的韋德),
如果突變者的能力,都可以隨意轉植至正常人的身上,
而且,還能決定,只是複製能力(第一次),
或是剝奪能力(第二次),
那萬磁王的區分突變人和人類理念,就沒意義了,
最後變成,超能力的爭奪之戰而已,
事實上,
萬磁王自己也拿議員做過類似實驗,
試圖將議員變成突變人,只是後來失敗了,
如果,第三次的金鋼狼之戰,
主反派結合第一次和第二次的技術,
集合各種能力於自己的身上,加上自己的智慧運用,
那才會是最精彩的終極大反派吧~
要如何打敗他?
可能需仰仗所有X戰警成員的團結一致,
透過有計畫的犧牲和同時以多攻一,
才有可能成功了吧~
(可以建議這樣的劇情設定嗎?)

該片中,出現了第二次,
變種能力可以轉移的可能性,
(第一次,集各種能力於一身的韋德),
如果突變者的能力,都可以隨意轉植至正常人的身上,
而且,還能決定,只是複製能力(第一次),
或是剝奪能力(第二次),
那萬磁王的區分突變人和人類理念,就沒意義了,
最後變成,超能力的爭奪之戰而已,
事實上,
萬磁王自己也拿議員做過類似實驗,
試圖將議員變成突變人,只是後來失敗了,
如果,第三次的金鋼狼之戰,
主反派結合第一次和第二次的技術,
集合各種能力於自己的身上,加上自己的智慧運用,
那才會是最精彩的終極大反派吧~
要如何打敗他?
可能需仰仗所有X戰警成員的團結一致, 透過有計畫的犧牲和同時以多攻一,
才有可能成功了吧~
(可以建議這樣的劇情設定嗎?)?